Diversidad genética del café arábigo (Coffea arabica L.) aplicando 20 marcadores microsatélite en el banco de germoplasma de la UNESUM, Ecuador
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Resumen
Con el objetivo de determinar la diversidad genética del café arábigo (Coffea arabica L.) aplicando 20 marcadores microsatélite en 20 accesiones el banco de germoplasma de la Universidad Estatal del Sur de Manabí (UNESUM), se colectaron foliolos jóvenes del tercio medio superior de cada planta de las 20 accesiones de café conservados in vivo en la Finca Andil, en sobres pequeños con cierre y ubicados en una caja con 500 g de sílica gel para el secado y conservación de las muestras de foliolos, para luego enviarlas al laboratorio de Biología Molecular de la Estación Experimental Santa Catalina, del Instituto Nacional de Investigaciones Agropecuarias y forestales (INIAF). El análisis de QTA – genotyping fue realizado con la tecnología M13 Tailing para 20 marcadores microsatélite. Los geles fueron analizados de forma visual, determinando el peso de los fragmentos en pares de bases (pb) amplificado para el QTA-genotyping en referencia a un marcador de peso conocido del fragmento. Los pb de cada marcador para cada una de las accesiones de café (ausencia/presencia), fueron anotados en una hoja de cálculo en Excel para su posterior análisis estadístico. Para cada marcador ensayado se aplicó un test de Chi cuadrada para comparar las medias de niveles de presencia en las accesiones que pertenecen a cada clase de marcador (ausencia/presencia) determinado, respecto de los pb de los alelos reportados por otros investigadores. Los resultados mostraron los marcadores SSR utilizados tienen una baja o limitada detección de la diversidad genética, y que se pudo observar limitaciones en los niveles de heterocigosis y homocigosis en los locus específicos por la incapacidad de estos SSR para distinguir alelos de cromosomas homólogos, así como la probabilidad de hallar alelos nulos en poliploides. Por otra parte, se determinó que el marcador Cam22 fue monomórfico.
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